首先要了解什么是网站目录结构：
一、什么是网站的目录结构
网站的目录是指你建立网站时所创建的目录，目录结构则主要是指物理结构和逻辑结构这两种。
具体的说，网站物理结构指的是网站目录及所包含文件所存储的真实位置所表现出来的结构。对于小型网站来说，所有网页都存在网站根目录下的扁平式结构，这种单一的目录的扁平结构对搜索引擎而言是最为理想的，因为只要一次访问即可遍历。但是如果太多文件都放在根目录下的话，维护起来就显得相当麻烦；而对规模大一些的网站，往往需要二到三层甚至更多层级子目录才能保证文件内容页的正常存储，这种多层级目录也叫做树型结构，即根目录下再细分成多个频道或目录，然后在每一个目录下面再存储属于这个目录的终极内容网页，这样的好处是维护容易，但是搜索引擎的抓取将会显得困难些。
与网站的物理结构不同，网站的逻辑结构也叫链接结构，主要是指由网页内部链接所形成的逻辑结构或者叫链接的结构。这在现在的一部分CMS建站系统中已经可以实现文件虽然存在不同的物理结构目录之中，但是访问的链接的目录层级只需要一层即可转向访问。
转自：奈微建站网（www.nev.cn）
二、网站的目录结构对SEO的影响
网站的目录结构的层级对SEO的影响很大。网站的目录层级不要太深，目录结构越简单，搜索引擎访问就越容易，目录结构层级越深，搜索引擎爬虫就越不容易抓取。
这个很简单的道理，有人说了个绝妙的比喻，就比如你急着上厕所的时候，总不会穿街走巷绕圈去，而总会优先考虑就近的厕所。囧！再举个例子，“酒香也怕巷子深”，再好的内容页，如果隐藏在太深的目录层级之下，搜索引擎也是要望洋兴叹，徒叹奈何！
三、如何优化网站结构
目录的结构往往容易被普通网站长所忽略，其实目录结构的好坏，对站点的SEO有着重要的影响。网站内部结构优化也是整个优化过程中非常重要的一个环节。那么，作为SEO，怎么去优化网站的结构呢？我想，优化网站结构应该主要涉及到物理结构和逻辑结构这两个方面。
首先，优化网站的物理结构目录。一般说来，我们不提倡将将所有文件都存放在根目录下，而鼓励按栏目内容建立子目录，并且尽量使用意义明确的目录名称，比如image，css，js，post，bbs等等名称，但是注意不要使用中文名称，尤其是针对英文的SEO优化更应该使用中文目录，目录名称也不宜太过冗长，URL应该越短越好。举个例子，我们没有必要将seo这个目录改成sousuoyinqingyouhua，因为搜索引擎看得懂seo这个词。目录和文件命名可以适当使用到关键词，如果是关键词组，需要用分隔符分开的话，我们常用连字符“-”进行分隔。
最为重要的是，网站的目录层级一般建议不要超过3层！——这是我们在SEO的过程对网站的物理结构目录最大的一个优化。这个优化如果不计SEO，其实还有很多其他的好处，比如较少层级的目录容易传播、用户体验和交换链接等等。
当然，这并不是绝对的。不管内容页所处的目录层级有多深，只要该页有一个或者大量来自其它网站的外部链接，它同样会被搜索引擎收录；如果我们在首页上增加一个该页的链接，那么其实就相当于二次点击即可访问到该页，再深的巷子如果通了条火车，同样也会顾客盈门，因此链接是被搜索引擎收录的关键。对一个站点中包含的子目录，只要链向该层子目录的链接提供有搜索引擎能够跟进的导航配置和URL结构，那么所有的搜索引擎都会对子目录提供遍历。做好导航结构，将会有效控制多层目录结构对SEO造成的不利影响。
其次，对网站的逻辑结构的优化也应该同样重视。一般来讲，首页的PR值最高，二级目录次之，最终内容页面再次之，因此为使这些页面更有效地展示出来，就要尽量减少PR流失，所以目录结构不要太深，三级已经足够，并且所有的链接应该能够做到相互回环，目录的逻辑结构也要尽量要做到符合“面包屑导航”效用。使得搜索引擎只要抓取了一个页面，就可以顺着这个页面抓取更多乃至整个站点的所有页面。另外，要注意，如果网站调整，网页目录结构改变，网页被移到一个新地址等改变网页目录结构的时候，我们都应该充分考虑到SEO，尽可能采用301重定向到新的页面，以免网站出现死链、断链、错链等问题。
四、网站目录结构在SEO排名中的具体应用方法
我们前面讲到，网站的目录结构的层级对SEO的影响很大，目录结构越简单，搜索引擎访问就越容易。对百度而言，它给予网站的域名、目录和页面的权重是不一样的。当参与关键词排名竞争的时候，域名级的链接在百度是最具排名优势的，目录级其次，页面级则最低。因此，当我们所关心的关键词，排名前十的大多数是页面级的站点在竞争，那我们就可以在网站之下建立一个目录来参与竞争；如果前十名都是目录级，那我们就需要用域名级来争取排名；如果前十名都是域名级，那你就要拼网站的权重和质量了。
在这里，我们还要解决一个疑问：二级域名与二级目录，即子域名和子目录，二者到底那个目录结构更容易被收录呢？
一般来说，二级目录的权重增加，可以提高主域名的权重，主域名的权重增加，也能带动二级目录的权重。二级目录是依靠着主域名权重，主域名收录完好，直接能加快二级目录收录；相比二级域名，二级域名在搜索引擎中相当独立的网站，单就URL来看，二级域名比一级目录天生的信任度稍微高一点，但是收录中可能要比二级目录稍慢些。转自：奈微建站网（www.nev.cn）
如果你的网站类别不是很多，建议采用二级目录的形式，这样更有利于主打品牌的推广和提高网站权重。如果你是个类别比较多，内容比较丰富的网站，建议你采用二级域名的形式。